Un orgue fut commandé en 1939 à la Maison Beuchet de Nantes par Monsieur l’Abbé Gauthier, Curé-prévôt de la Collégiale. Il était prêt à être installé lorsque la guerre se déclara et pour que les tuyaux en étain ne soient pas pris par l’occupant pour être fondus, ils furent disséminés et cachés dans différents endroits.

Vers la fin de 1955, sous l’impulsion de Monsieur le Chanoine Boismain, alors Curé de Guérande, l’orgue tant attendu est exhumé de ses cachettes et installé par les ateliers Beuchet-Debierre de Nantes.

Parce qu’il est le roi des instruments, l’orgue, comme tout grand personnage, a droit à une place de choix. Dans la Collégiale, il n’ya pas de tribune pour l’accueillir et un emplacement digne de ce royal instrument est retenu : au pied de la grande verrière, au fond du chœur.

Posé à même le sol, l’orgue de la Collégiale a droit à l’hommage des premiers regards des visiteurs, au même titre que le vitrail. Il fait ainsi corps avec l’édifice.

Lors de son inauguration le 16 septembre 1955, l’orgue ne comportait que 30 jeux. Ce n’est qu’en 1982 que l’achèvement des travaux est complet, le portant à un total de 46 jeux.

Inauguré en 2016, le système MIDI (Musical, Instrument Digital Interface) conçu par les bénévoles pour le grand orgue permet
d’utiliser un ordinateur ou une tablette comme assistant virtuel de l’organiste. Les possibilités offertes par ce système (logiciel « Organologic« ) sont infinies : combinateur automatique, mémorisation et restitution du jeu de l’organiste, création de sonorités et de timbres inédits, utilisation d’une console portable pour jouer l’orgue à distance ou à deux organistes simultanément, mémorisation de boucles en direct (looper)…